Estudios genómicos recientes de humanos antiguos y modernos de las Américas han dado una visión completa del poblamiento del continente. Sin embargo, falta la caracterización regional de individuos antiguos y modernos, que es clave para descubrir las diferencias a pequeña escala dentro del continente. Presentamos análisis genómico de individuos antiguos y modernos Kawéskar y Yámana de la Patagonia Chilena. Encontramos una gran afinidad entre los individuos modernos y antiguos de la región, proporcionando evidencia de continuidad en la región durante los últimos ~ 1000 años y una estructura genética regional en el sur de América del Sur. En particular, el análisis de estos genomas antiguos ayuda a abordar cuestiones relacionadas con la tradición marítima en la región y su diversificación posterior a la separación desde los Onas (o Selk’nam) que eran cazadores-recolectores terrestres.